美高梅在线登录网址-美高梅4858官方网站

您的位置:美高梅在线登录网址 > 美高梅4858官方网站 > 蛋白质相互作用理论预测和药物设计新计算方法

蛋白质相互作用理论预测和药物设计新计算方法

发布时间:2019-10-25 06:05编辑:美高梅4858官方网站浏览(155)

    8月29日,应上海药物研究所朱维良研究员的邀请,牛津大学的Charlotte Deane教授来药物所进行学术交流,作了题为“Predicting the shape and residues of the antibody binding site improves antibody-antigen docking”的精彩学术报告。

    11月29日,《美国国家科学院院刊》(PNAS)在线发表了中国科学院上海药物研究所蒋华良课题组和美国莱斯大学(Rice University)José N. Onuchic 课题组合作的论文Elucidating the druggable interface of protein-protein interactions using fragment docking and coevolutionary analysis

    报告主要从三方面介绍了抗体药物设计方面的工作,首先介绍了一个在线数据库SAbDab(Structural Antibody Database),通过从PDB收集抗体晶体结构,计算一些抗体的属性,发现了抗体与普通蛋白质的不同;其次,Deane教授介绍了用于预测VH-VL作用域取向的工具ABangle,这个工具是通过6种量度标准来表征VH-VL作用域的取向;最后,Deane教授详细介绍了用于预测抗体-抗原结合关键残基的工具i-Patch,这个工具在蛋白-蛋白相互作用过程中关键残基的预测方面有着不俗的表现,局部预测精度高达80%以上,全局预测精度超过40%,优于现有的工具。

    该项研究成果在可药性蛋白质-蛋白质相互作用界面预测与识别计算方法发展方面取得新进展。蛋白质-蛋白质相互作用在细胞命运决定、信号转导等重要生命过程中起重要作用,也是疾病发生和发展的重要环节。因此,蛋白质-蛋白质相互作用界面已经成为新药发现的重要靶标。然而,蛋白质界面具有作用面积大、相对平坦等特点,不利于药物分子、特别是小分子药物结合,使得基于蛋白质-蛋白质界面的药物设计面临严峻挑战。因此,发展蛋白质-蛋白质界面预测理论计算方法及其相应的药物设计方法,用于细胞信号通路研究和靶向蛋白质-蛋白质界面的合理药物设计,是一项十分紧迫并意义重大的研究课题。

    Charlotte Deane是英国牛津大学结构生物信息学教授,研究领域涉及应用统计、数学和计算生物学等。擅长蛋白质结构预测和蛋白质相互作用网络,结合理论研究和实证分析方面的研究。

    基于这样的需求,蒋华良课题组和Onuchic 课题组合作,综合应用分子对接和PPI共进化分析方法,发展了能预测蛋白质-蛋白质相互作用界面的预测方法,该方法以一系列有机小分子碎片与氨基酸残基作为探针分子,搜索蛋白质表面探针分子可紧密结合的热点残基区域,并以此勾勒出蛋白质-蛋白质相互结合的可能位点;进而基于蛋白质-蛋白质作用残基共进化分析方法,通过评价蛋白质-蛋白质相互结合位点间偶合强度,确定蛋白质-蛋白质的准确结合点。该方法在预测蛋白质-蛋白质相互作用界面的同时,还能预测结合位点可药性区域(药物可能结合的区域),并提供了探针分子在可药性区域的多样性结合模式,为基于片段的药物设计提供了直接线索。

    图片 1

    该项目获得中国“973”计划、中国国家自然科学基金、美国国家基金委员会、德州癌症预防与治疗中心基金(Cancer Prevention and Research Institute of Texas)及威尔士基金(Welch Foundation) 的支持。

    文章链接

    图片 2

    蛋白质-蛋白质相互作用理论预测和药物设计新计算方法研究获进展

    本文由美高梅在线登录网址发布于美高梅4858官方网站,转载请注明出处:蛋白质相互作用理论预测和药物设计新计算方法

    关键词:

上一篇:复旦大学研究提出消退恐惧记忆的新策略

下一篇:没有了